本系與菲律賓馬尼拉 Adamson University 及 Emilio Aguinaldo College 藥學院合作之 2+4 雙聯學位計畫，目前已進入雙邊課程學分抵認的最後討論階段。按照雙聯學制的課程設計，參與 2+4 雙聯學位計畫的學生於本系修讀兩年，取得應修學分後，可至 Adamson University 或 Emilio Aguinaldo College 繼續進修該校藥學系課程，預計可於四年後同時取得長榮大學醫藥科學產業學系學士與菲律賓藥學系學士學位，同時具備美國藥師考照資格。如欲取得台灣藥師資格，則須通過學歷認證並回國實習後，始取得國內藥師考照資格。

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