立法院於93年3月23日修正通過，並於4月7日公布私立學校法第九條第一項，規定「私立大學校院或宗教法人為培養神＿職人員或宗教人才，並授予學位者，應依相關法規向教育部申請，經核准後，設立宗教研修學院。」據此，長榮大學於96年3月向教育部提出申請，獲准籌備成立基督教研修學院，並於97年開始招收學生,成為國內第一所基督教研修學院，98年正式更名為神學院。
這是國內高等教育的一大突破，也是基督教界的一件大事，基督教神學正式進入大學高等教育的體制，研讀神學可以獲得教育部承認的學位。
長榮大學於1993年創立，是台灣基督長老教會屬下的高等教育機構。長老教會在台灣已有百年以上悠久歷史，對於台灣教育貢獻良多，如今長榮大學增設神學院，不但吻合辦學宗旨，更可凸顯基督教大學的特色。神學院是全校最小的學院，神學系也是全校最小的系所。雖然是最微小的，但卻是最有特色的，是全國眾多綜合大學中唯一的神學院和神學系。