秘書處原名秘書室，104學年度因應組織變革整併公關中心更名為秘書處，並依業務性質分設綜合業務組、公共關係組及機要組。各組之主要行政任務如下：

• 綜合業務組：

承襲原秘書室功能，為加強單位間溝通協調的幕僚單位，以謀求校園和諧，並達成校長指示交付之任務。主要業務為綜合性會議之召開與紀錄，以及議案執行之追蹤管核，統籌校慶活動、性平業務等事宜，聯繫溝通校內外各項行政事務，各單位用印申請之處理，啟動防颱小組統籌全校防颱工作等。

• 公共關係組：

主要任務為塑造學校形象特色，行銷學校優質品牌，拓展公共關係網絡，強化學校與公眾互動的良好關係，以提昇長榮大學校譽，為學校贏得永續經營的先機。業務分有七大類：媒體計畫、 校內訊息流通、活動辦理、建置公關天使、公眾服務、新聞危機管理，以及募款事務。

• 機要組：

107學年度第2學期因應組織規劃增設機要組，以支援董事會業務。