輔導與申訴機制
為保障本校教師權益，依據本校 「教師申訴評議委員會組織及評議準則」 規定，制定本作業程序，以提升教師申訴業務之效率及功能，確保教師權益。此準則適用於本校教師針對主管教育行政機關或學校有關其個人之措施，認為違法或不當，致損害其權益者，得依規定提起申訴、再申訴。
為保障本校職工權益，疏解職工糾紛，促進校園和諧，增進行政效率，依據本校「組織規程第卅五條」規定，訂有 「職工申訴評議委員會設置要點」 以提升職工申訴業務效率及功能，確保職工權益。此要點適用於本校職工及約雇人員對本校有關個人權益之措施，認為違法或不當，致損害其權益者，得提出申訴。
為保障學生學習、生活與受教權益，增進校園和諧，本校依大學法第三十三條第四項暨本校組織規程第三十五條之規定，訂定 「學生申訴案件處理辦法」 。本校學生、學生會及其他相關學生自治組織對於學校之懲處、其他措施或決議，認為違法或不當，致損害其權利或利益者，得依據本辦法之規定提起申訴。
學生申訴管道如下：
1. 聯絡電話： 學務處 (分機1201)
2. 申訴信箱： student@mail.cjcu.edu.tw
3. 申訴地點：行政大樓1F 學務處
為保障本校教職員工權益，本校依據 「教育部性別平等教育法規」 等相關規定，以維護教職員工性平權益以及避免發生性騷擾等不當之行為，教職員工可至性別平等委員會進行申訴，以維護自身權益。
性別平等申訴檢舉管道如下：
1. 申訴電話： 學務處校安中心 (分機1119)、性別平等教育委員會 (分機1023)
2. 申訴信箱： cjcugender@mail.cjcu.edu.tw
3. 申訴地點：行政大樓4F 秘書處
教職員工生如對校園環安衛管理有意見或提案，或遇有外部人員或利害相關者以書面來函、電話、傳真、口述或其他方式向校內各單位反應有關環安衛管理之任何建議或關切事項時，依據本校安全衛生管理系統，填寫 「校園職業安全衛生事故通報表」 ，交由環安單位彙整並知會相關部門審核後答覆意見；必要時得召開會議進行討論。截至目前為止本校並未接獲任何環安衛管理之任何建議或關切事項案件。
本校以基督之名而創立，為了體現於基督裡成為一家人的基督教大學辦學宗旨與理念，對於一起在學校奉獻服務之教職員同工，本校仍秉持相同信念關懷之，因此在103學年度起(2014.08-2015.07)本校成立 「長榮大學教職員工關懷網」 ，藉以提供一個溫馨關懷、尊重隱私的諮詢管道，並安排適當的專業人員提供諮詢意見。